１９３５年，英國國王批準印度政府法，印度有１１省開始享有自治權。真納高興地結束了他在倫敦的生活，返回印度，領導“穆盟”。接著，印度進行大選，國大黨獲得多數票。國大黨領導人堅持一黨組織內閣，拒絕與“穆盟”合作。在這種情況下，真納感到必須建立獨立的伊斯蘭國家。

　　１９４０年３月，真納主持召開“穆盟”年會，通過了著名的《巴基斯坦決議》，要求伊斯蘭教徒聚居的省份脫離印度，建立一個伊斯蘭國家。這個決議得到大多數伊斯蘭教徒的擁護。真納也成為他們公認的領袖。而一些反對他的組織，則向他發出了死亡威脅。幾天之內，向他發出電報信件５０余封，揚言要除掉他。真納一笑置之，不予理會.

　　１９４３年７月的一天，孟買真納住處附近出現了一個鬼鬼祟祟的青年，這是反對組織派來的刺殺真納的殺手。他仔細觀察了四周環境，選擇了最佳行動時間，藏好了利刃，向真納住所大門走去。他向守門人行過禮，提出要見見真納。秘書告訴他真納現在很忙。他沒有說話，徑直向真納房間走去。房門一開，正要外出的真納與刺客打了個照面。刺客揮拳擊向真納左頰，真納不由自主向后一仰。就在這一剎那間，刺客從腰間拔出刀子，向真納刺去。

　　受到突然一擊的真納并沒有失去控制，他見刀光一閃，馬上揚手抓向刺客手腕。受到阻擋的刀鋒只劃傷了真納的下頦。刺客繼續揮刀刺來，真納手臂又挨了數刀。聞聲而動的人們，蜂擁上前奪下了刺客的刀子，把他扭送到了警方。盡管受到這樣的威脅，真納爭取建立巴基斯坦國的信念并沒有動搖。他繼續竭盡全力，為此奮斗。

　　１９４２年２月，英國政府宣布給予印度完全獨立，不久，新任印度總督蒙巴頓宣布了《印度獨立法》，實行印、巴分治。這樣，才解決了國大黨與“穆盟”爭執多年未能解決的問題。在真納的領導下，“穆盟”很快批準了分治方案，開始組織政府，同年８月７日，巴基斯坦制憲會議召開，真納以主席身份，向到會代表宣布道：“你們自由了！你們可以自由地到廟宇去，到清真寺去，或者到這個巴基斯坦國家任何其他做禮拜的地方去！不論你們屬于什么宗教、種姓或信仰，都毫不妨礙我們都是同一國家的公民，而且是平等公平這一基本原則！”

　　８月１４日，真納在他誕生的故鄉卡拉奇宣誓就任巴基斯坦自治領首任總督。他的頭上飄揚著他和總理制定的巴基斯坦國旗。旗上３D４是綠色，代表著穆斯林；１D４是白色，代表著少數民族。巴基斯坦國建立后，真納更加辛勤地工作，處理著國內外各種事務。

　　終于積勞成疾，不幸染上了肺結核，１９４８年９月的一天夜晚，真納告別了人世。１９５６年，巴基斯坦國改稱巴基斯坦伊斯蘭共和國，１９７１年，印度與巴基斯坦發生戰爭，東巴基斯坦分裂成立孟加拉國。

　　第二年，西巴基斯坦最終脫離英聯邦。